(一)综合一科。负责市政府常务会议的组织服务和会议纪要整理工作;负责全市政府系统办公室主任会议等综合性会议的组织和议定事项的督办落实;负责市政府秘书长、办公室主任日常公务活动的安排，出席各类会议、活动的服务保障;负责市政府秘书长、办公室主任相关文稿的起草、整理、审核工作;负责市政府秘书长、办公室主任重要批示件和交办事项的督办落实;负责起草以市政府办公室名义报送的综合性文字材料;负责市政府办公室来文来电办理工作;负责起草市政府办公室机关年度工作计划和总结等综合性文字材料;承担市政府办公室对外联络;负责接送站(机)及对口接待工作。
(二)综合二科。负责市政府办公室日常政务、会务和事务的统筹协调、服务保障;负责办公室主任办公会、全体干部职工会议等综合性会议的组织和议定事项的督办落实;负责统筹服务市政府办公室领导活动;负责市政府办公室内部文件办理;负责牵头制定市政府办公室内部规章制度;牵头承担市政府办公室法治建设、国家安全等工作;负责协调市政府办公室财务、安全保卫、离退休干部、车辆管理等后勤服务工作;负责牵头市政府办公室承担的临时性全市工作任务。
(三)文档科。负责市政府及其办公室公文收发、运转、印制和印章管理，指导、督促检查全市政府系统公文处理工作;负责机关政务信息化的规划建设、技术、安全保障及运行维护工作;负责市政府及其办公室机要、保密、档案工作;承担市级地方志书、综合年鉴出版审批等有关工作。
(四)政策法规科。负责市政府及其办公室发文规划;负责对以市政府及其办公室名义出台文件的政策、格式、文字及合法性、合规性等方面进行审核把关和相关解释等工作;负责市政府重大决策和重要涉法事务的合法性审查。
(五)市政府总值班室。负责市政府值班工作，及时掌握和报告重要情况，传达和督促落实市政府领导同志指示;指导全市政府系统值班工作。
(六)督查科。负责上级机关对市政府办公室批示件的办理;负责市长(副市长)批示由市政府办公室承办件的办理;负责市政府及办公室文件、市长(副市长)办公会议决定事项的督办工作;负责副市长现场办公和基层调研决定事项的督办;具体办理由市政府办公室承办的人大代表建议、政协委员提案。
(七)政府绩效管理办公室。负责全市政府系统绩效工作方案制定、任务分解、运行管理和考核奖惩等工作;指导县市区政府(管委会)绩效管理工作。
(八)信息科。统筹市政府办公室信息工作，负责收集、处理、报送全市政务信息，为市政府和市直各部门、各县市区提供信息服务;负责向省政府办公厅报送南阳政务信息;掌握和报告国(境)外、市外相关重要政务信息和敏感动态;指导全市政府系统信息工作;负责编发信息工作刊物。
(九)政务公开办公室。负责协调联络市政府宣传工作，编制市政府宣传工作要点，组织指导市政府系统对市政府重点工作、重要决策、重大项目的宣传工作;负责政府系统政务舆情的监测、搜集、研判、报送、分析工作，协调各县市区、各部门稳妥做好政务舆情的处置回应工作;负责市政府网站统一技术平台建设运维工作;负责市政府门户网站、政务微博、微信和政务客户端(一网两微一端)的新闻宣传和内容推广，承担市政府政策文件的对外发布、宣传解读、舆论引导工作;负责推进、指导、协调和监督全市政务公开和政府信息公开工作;承担市政府及办公室政策发布、解读等政府信息公开日常工作;负责推进、指导、监督全市政府网站建设发展和政务新媒体工作;负责市政府公报审核发布工作，指导、协调、督促各县市区政府公报工作;承担全市政府职能转变、优化营商环境、数字政府建设、数据管理和信用体系建设统筹协调督办等相关工作。
(十)一科(市长办公室)。负责全市政府系统重大会议、重大活动统筹协调和市政府各类会议活动的组织安排;负责市长日常公务活动的具体组织工作;负责市长、副市长日常工作安排和出席会议、活动的协调联络工作;负责市政府党组会议、全体会议、市长出席的市长办公会议的组织服务和会议纪要整理工作;承担市长日常公文运转和市长交办事项的催办、督办工作;负责国务院、省政府、外省市政府领导同志来宛公务活动的保障组织工作。
(十一)二科。负责常务副市长日常公务活动的安排，办理常务副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责常务副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十二)三科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十三)四科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十四)五科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十五)六科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十六)七科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十七)八科。负责所服务的副市长日常公务活动的安排，办理所服务的副市长分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责所服务的副市长分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十八)京宛合作科(临时)。负责京宛对口合作的市领导日常公务活动的安排，办理京宛对口合作的市领导分管方面的公文，承担市政府召开的有关会议的领导讲话起草、整理、审核和会务工作;负责京宛对口合作的市领导分管工作的调研、协调、督办等工作。
(十九)行政复议应诉一科。负责办理相关县市区政府、市直相关部门为被申请人的行政复议案件工作;负责办理相关县市区行政区域内发生的以市政府为被申请人的行政复议案件以及申请省政府裁决的相关案件代理工作;负责相关县市区行政区域内发生的以市政府为被告的行政诉讼案件应诉工作;指导、监督相关地方和部门行政复议、行政应诉、行政赔偿工作;负责全市行政复议、行政应诉、行政赔偿案件的统计汇总和上报工作，负责全市行政复议应诉赔偿工作综合情况汇总、有关会议资料的准备等工作。
(二十)行政复议应诉二科。负责办理相关县市区政府、市直相关部门为被申请人的行政复议案件工作;负责办理相关县市区行政区域内发生的以市政府为被申请人的行政复议案件以及申请省政府裁决的相关案件代理工作;负责相关县市区行政区域内发生的以市政府为被告的行政诉讼案件应诉工作;指导、监督相关地方和部门行政复议、行政应诉、行政赔偿工作;负责办理市政府决定受理的行政赔偿案件，承办市政府民事应诉案件代理工作。
(二十一)金融一科。加强对全市地方中小金融机构、农村金融机构和地方金融组织等地方法人金融机构风险监测预警、改革化险、风险处置等工作;负责协调有关部门处置地方金融突发事件和重大事件，研究提出金融风险应对处置方案;加强地方金融风险监测分析预警，建立健全全市地方金融大数据监测体系，做好日常监测分析预警工作;协调联络中央及省金融管理部门、金融机构驻宛分支机构，组织开展政府、金融机构、企业对接合作;负责协调中央金融管理部门地方派出机构建立联合检查机制并组织实施;承担全市金融领域国家安全工作协调机制牵头部门日常工作。
(二十二)金融二科。组织相关金融机构和部门化解大型企业、上市企业等金融风险，配合有关部门防范化解房地产领域金融风险、地方债务风险等重点领域风险，建立健全重大企业风险防范监测、预警、应对、处置等工作机制;牵头负责地方投融资体系建设;拟订全市资本市场改革发展政策措施并组织实施;协调联络中央及省金融管理部门、金融机构驻宛分支机构，推进多层次资本市场建设;联系和服务资本市场中介机构;协调服务期货市场发展;统筹推进企业上市、挂牌工作;协调推动上市公司重组、兼并和再融资工作;协调推动企业发行公司债券、短期融资券和中期票据等债务融资工具;配合有关金融监管部门做好证券、期货、基金行业的监督管理。
(二十三)金融三科。负责组织开展全市互联网金融风险防范化解处置工作，组织开展非法金融活动风险排查、防范和处置工作;组织开展防范非法集资宣传、风险排查、风险研判及行政处置工作;承担市防范和处置非法集资工作机制牵头部门的日常工作;负责全市金融领域相关信访维稳和平安建设工作。
(二十四)地方金融组织监管科(行政审批服务科)。负责全市小额贷款公司、融资担保公司、典当行、融资租赁公司、商业保理公司、地方资产管理公司、区域性股权市场的监督管理，实施现场检查和非现场监管;负责协调相关行业管理部门加强对投资公司、开展信用互助的农民专业合作社、社会众筹机构、地方各类交易场所等的监督管理;指导和监督县市区相关业务工作;贯彻落实全省小额贷款公司、融资担保公司、典当行、融资租赁公司、商业保理公司等行政审批、监管的相关规章制度，负责相关行政审批工作;指导全市地方国有金融企业和非公金融企业党组织建设工作。
(二十五)金融综合服务科。组织开展市委市政府金融工作部署及相关会议研究事项的催办督查工作;负责金融领域相关会议活动的文件文稿起草、协调服务和会务组织等工作;组织研究有关金融政策，拟订有关金融监管的政策措施;组织研究地方金融改革有关问题;研究提出全市统筹国有金融资本管理运营、推动国有金融资本保值增值的建议;承担金融领域行政处罚案件审理等工作;监督县市区履行金融工作职责的情况，并提出问责建议。
(二十六)人事教育科。承担机关干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作;指导所属单位的干部人事工作。
(二十七)信访科。负责处理市政府办公室机关及所属单位信访工作，协助市政府领导接待到市政府的群众来访工作。
机关党委(机关纪委)。负责机关和所属单位党群、纪检和精神文明建设工作。