·综合科
　　协助编办领导处理日常工作；起草综合性文件，参与组织协调政策、方案的拟定；组织综合性调查研究和改革试点工作；研究拟定机构编制管理与财政预算管理相互配套协调的约束机制的政策和措施；负责机构编制目标考评工作；负责全市机构、市直机关事业单位编制统计及综合分析工作，汇总、上报有关信息和情况；负责《机构编制册》的审核、管理工作；制订办公室内部管理的规章制度，负责会议、文秘、宣传、接待、保密、保卫、信访和车辆管理等工作；负责专项经费的管理工作。

·行政机构编制管理科
　　研究拟定全市行政管理体制改革的政策和机构改革方案，统一管理各级党政机关，人大、政协、法院、检察院机关，各民主党派、人民团体机关的机构编制工作；负责审核市直各部门和县（市、区）的行政机构改革方案，研究协调市直各部门的职能设置及其调整；审核市直党政机关，人大、政协、法院、检察院机关和各民主党派、人民团体机关机构设置、人员编制和领导职数；审核县（市、区）党政机关机构设置、人员编制和全市县（市、区）机构编制分类及县（市、区）以下各级党政群机关的人员编制总额；负责各类专项编制的分配、管理；检查监督全市各级行政机构编制政策、法规的执行情况；承担全市行政审批制度改革的事务性工作。

·事业机构编制管理科
　　研究拟定全市事业单位管理体制改革、机构改革、机构编制管理的政策和改革方案；拟定全市事业单位人员编制宏观控制计划、机构编制标准和人员结构比例；审核县（市、区）事业单位机构改革总体方案和市直事业单位的机构设置、人员编制和领导职数；指导、协调市直各部门和各县（市、区）事业单位的体制改革和机构编制管理工作；检查监督全市事业单位机构和人员编制政策、法规的执行情况。

·事业单位登记管理科
　　贯彻落实国家、省有关事业单位登记管理的政策、规定和办法；负责市直事业单位的登记管理工作，指导、协调县（市、区）事业单位的登记管理工作；检查监督全市事业单位及其举办主体事业登记管理政策、规定和办法的执行情况，处理违反有关政策、规定和办法的事件；依法保护核准登记（备案）的事业单位有关登记事项的合法权益；负责事业单位登记管理信息的统计和联网工作。